У лютому 1989 р. уперше в історії інституту відбулися вибори нового ректора на альтернативній основі. Ним став професор І. В. Богадельников.
Новий ректор у важких умовах розпаду СРСР і становлення незалежної України, що супроводжувалось складною економічною ситуацією та переходом до ринкових відносин, реорганізує діяльність інституту. Головне завдання — вижити, зберегти основний штат викладачів, зміцнити матеріально-технічну базу, не знизити рівень підготовки фахівців, підтримати наукові роботи вузу. Колектив освоює комерційну діяльність, вчиться заробляти гроші.
У 1991 р. в інституті навчалося більше ніж 3 тисячі студентів, із них майже 600 іноземців із 54 країн. Їх навчало 540 викладачів, у т. ч. 83 доктори та близько 350 кандидатів наук.
З 1992 р. вуз починає навчання на контрактній основі іноземних громадян, а з 1994 р. — громадян України та СНД. Кошти, що були отримані від комерційної діяльності, дозволили інституту вести ремонтні та будівельні роботи, придбати сучасну техніку й апаратуру, наукову та навчальну літературу. Саме в цей час починається комп'ютеризація навчального процесу. У 1995 р. у вузі було створено локальну мережу та перший комп'ютерний клас, а в 1996 р. їх було вже 12.
Продовжують розвиватися наукові дослідження. У середині 90-х років у вузі функціонує 10 наукових профільних лабораторій, де працює близько 60 висококваліфікованих фахівців. Учені інституту контактують зі значними медичними та науковими центрами світу.
Досягнення колективу вузу в науково-дослідній роботі та в підготовці медичних кадрів для зарубіжних країн було гідно оцінено: у липні 1995 р. КДМІ був акредитований за IV (вищим) рівнем із наданням автономії.
8 грудня 1995 р. Постановою Кабінету Міністрів України інституту було присвоєно ім'я С. І. Георгієвського, який зробив великий особистий внесок у відновлення та розвиток вузу, у зростання його авторитету в країні та за кордоном.