Війна. Відродження

22 червня 1941 р. почалася війна, але перевідні та державні іспити в медінституті все ж таки відбулися. Майже всі випускники — 240 лікарів — були призвані до Армії. Разом із ними на фронт добровольцями пішли директор інституту м. І. Сальков і багато викладачів.
Директором медінституту став професор С. Р. Татевосов, який керував вузом усі важкі роки війни.
У середині вересня 1941 р., коли фашисти наблизилися до Криму, інститут став готуватися до евакуації. 26 вересня майже всі викладачі та більше 500 студентів старших курсів уже розселялися в м. Армавірє Краснодарського краю, а через три дні приступили до занять. Проте ворог підступив і до Армавіра, і знову довелося евакуюватися. Поневіряння тривали майже рік: Джамбул, знов Армавір, Орджонікідзе, Баку, Красноводськ, Кзил-Орда. Тут, у маленькому казахському місті, відбулося два випуски лікарів. Усього з червня 1941 до липня 1944 інститут підготував 850 лікарів.
У роки війни сотні студентів і випускників вузу, понад 40 викладачів брали участь у бойових діях у діючій армії та на флоті, у партизанському русі. Не всім судилося повернутися з полів війни: загинуло понад 120 випускників і співробітників КДМІ.
На згадку про їх ратний подвиг і до 30-річчя звільнення Сімферополя від фашистських загарбників на території інституту в 1974 році встановлено пам'ятник — велична фігура військового хірурга.
Весною 1944 р. Крим було звільнено, і, закінчивши в Кзил-Орді навчальний рік, інститут повернувся до Сімферополя. За роки окупації основний навчальний корпус, клуб, спортзал, гуртожиток було повністю зруйновано. Треба було все піднімати з руїн, повертати до життя рідний інститут. Ціною неймовірних зусиль колективу вузу в короткий строк було зроблено все, щоб навчальний рік розпочався вчасно.
У 1946 р. директором медінституту призначається В. І. Ларин. Його великою заслугою було відновлення матеріальної бази вузу, організація навчальної та наукової роботи в післявоєнні роки.
Кримський медичний інститут з честю подолав усі труднощі військового та післявоєнного часу.