Профессорско-преподавательский состав и специалисты всех подразделений КГМУ принимают активное участие в проводимом в стране реформировании здравоохранения. В университете разработана концепция развития вуза, предусматривающая соответствие отраслевым стандартам высшего образования всех сторон деятельности –организации учебного процесса, уровня подготовки врачей, кадрового потенциала, научной и лечебно-диагностической работы.

Вуз внедряет современные формы и методы обучения, отвечающие требованиям Болонской образовательной системы. Активно развивается англоязычная форма обучения для иностранных граждан. Специалисты опорных кафедр разрабатывают новые учебные программы, учебные пособия и учебники.

Профессора и доценты университета за последние 5 лет создали 180 учебных книг. 20 учебников и учебных пособий (в основном на английском языке) получили гриф Центрального методического кабинета МЗ Украины, рекомендующий их для использования в качестве учебной литературы в медицинских вузах страны. Учебная литература наших авторов приобретается всеми медицинскими вузами и имеет большой успех.

Специалистами университета разработана и внедрена в медицинских вузах Украины и в Департаменте образования и науки МЗ Украины автоматизированная система управления учебным процессом «Контингент студентов высших медицинских учебных заведений ІІІ-ІV уровней аккредитации». Программа работает уже 5 лет, постоянно обновляется, исходя из актуальных потребностей вузов.

Научно-исследовательская работа развернута практически на всех кафедрах, в Центральной научно-исследовательской лаборатории и в отдельных научных лабораториях университета. Это лаборатории клинической иммунологии, физиологии и экологической медицины, микробиологии, морфологии с электронной микроскопией, биотехнологии, функциональной патоморфологии и сурфактантной терапии, фармакологии, экспериментальной патофизиологии, иммуногистохимии и лектиногистохимии, экспериментальной медицины, химии белков и белковых комплексов.

Приоритетными в научной деятельности ученых вуза являются направления, связанные с различными национальными программами по здравоохранению населения.

В частности, актуальными и перспективными являются программы по курортологии, экологии, туберкулезу, онкологии, сахарному диабету, охране материнства и детства, ВИЧ. Многие из них финансируются МЗ и АМН Украины.

Ежегодно в университете выполняется более 50 научных тем, защищается от 5 до 9 докторских и 25-30 кандидатских диссертаций, издается более 20 монографий, ученые вуза получают до 70 патентов, внедряемых в практическое здравоохранение.

Развитие научных исследований требует современного оснащения. За последние два года приобретены два новейших электронных микроскопа, проточный цитофлюориметр, атомно-абсорбционный спектрофотометр, ПЦР-лаборатория, сканирующий спектрофотометр, современное диагностическое оборудование - компьютерный томограф, цифровой рентген-аппарат, аппараты УЗИ последнего поколения.

Развитию научных достижений способствует издательская деятельность: в вузе выпускаются такие издания, включенные ВАК Украины в реестр специальных научных журналов и сборников, как: журналы «Таврический медико-биологический вестник», «Вестник физиотерапии и курортологии», «Таврический журнал психиатрии», «Крымский терапевтический журнал», Зборник «Проблеми, достижения и перспективы развития медико-биологических наук и практического здравоохранения».